phpCodeBeautifierで汚くなる件

Do You PHP? - phpCodeBeautifier - コーディングスタイルを統一する
でも紹介*1されているPHPのソースコードを整形するphpCodeBeautifierですが、最近linux版も出たし、マニュアル に書いている内容を見てワクワクして突っ込んだんですが、汚くなる。

PEAR標準にするっぽい、サンプルの整形定義をPEAR.phpにそのまま突っ込んでも
before

    function PEAR($error_class = null)
    {
        $classname = strtolower(get_class($this));
        if ($this->_debug) {
            print "PEAR constructor called, class=$classname\n";
        }
        if ($error_class !== null) {
            $this->_error_class = $error_class;
        }
        while ($classname && strcasecmp($classname, "pear")) {
            $destructor = "_$classname";
            if (method_exists($this, $destructor)) {
                global $_PEAR_destructor_object_list;
                $_PEAR_destructor_object_list[] = &$this;
                if (!isset($GLOBALS['_PEAR_SHUTDOWN_REGISTERED'])) {
                    register_shutdown_function("_PEAR_call_destructors");
                    $GLOBALS['_PEAR_SHUTDOWN_REGISTERED'] = true;
                }
                break;
            } else {
                $classname = get_parent_class($classname);
            }
        }
    }

after

    function PEAR($error_class = null)

    {
         $classname = strtolower(get_class($this));
         if ($this -> _debug) {
            print "PEAR constructor called, class=$classname\n";
             }
        if ($error_class !== null) {
            $this -> _error_class = $error_class;
             }
        while ($classname && strcasecmp($classname, "pear")) {
            $destructor = "_$classname";
             if (method_exists($this, $destructor)) {
                global $_PEAR_destructor_object_list;
                 $_PEAR_destructor_object_list[] = &$this;
                 if (!isset($GLOBALS['_PEAR_SHUTDOWN_REGISTERED'])) {
                    register_shutdown_function("_PEAR_call_destructors");
                     $GLOBALS['_PEAR_SHUTDOWN_REGISTERED'] = true;
                     }
                break;
                 } else {
                $classname = get_parent_class($classname);
                 }
            }
        }

こんな感じ。
alignとかも上手くいかない。

...Perltidyは凄いなあ。

追記

• --optimize-eol を追加したらちょっとましになった。でも空行が潰れるようになって見難い。
• --align-equal-statements-to-fixed-posを入れると結構大変なことに。function定義がこんな感じになど

 function &raiseError($message     = null,
    $code                             = null,
    $mode                             = null,
    $options                          = null,
    $userinfo                         = null,
    $error_class                      = null,
    $skipmsg                          = false)
     {

*1:shimookaさんからいただいたコメントにもあるよう、オプションは全て「--」になっています。